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Google möchte Ihr Genom in der Cloud speichern (Google Genomics)

Google möchte Ihr Genom in der Cloud speichern (Google Genomics)

Google Genomics speichert menschliche Genome in der Cloud.Für nur 25 US-Dollar pro Jahr ermöglicht Google die Speicherung von Kopien des menschlichen Genoms in der Cloud. Google bietet Krankenhäusern und Universitäten einen neuen Service. Hast du Genome? Speichern Sie sie in unserer Cloud.

Google Genomics-Projekt

Wird genannt Google Genomics und es ist das erste Produkt des Suchriesen für das DNA-Zeitalter. Es handelt sich um einen Cloud-Computing-Dienst, der im März 2014 gestartet wurde und der zwar von der Flut von Nachrichten aus Googles Forschung und Entwicklung, wie dem Plan zur Bekämpfung von Krebs mit Nanopartikeln, unbemerkt blieb. Das Genomics-Projekt könnte das relevanteste von allen sein.

Leistung Verbinden und vergleichen Sie Tausende oder sogar Millionen von Genomen wird den medizinischen Fortschritt in den nächsten zehn Jahren vorantreiben. Die Speicherung dieser Art von Daten ist bereits etwas, was Unternehmen wie Amazon, Google, IBM oder Microsoft.

Vor anderthalb Jahren begann Google zu arbeiten Genomics. Zu diesem Zweck traf er sich mit Wissenschaftlern und erstellte eine Schnittstelle oder IPA (Application Programming Interface), die es ihnen ermöglichte Übertragen Sie genetische Informationen auf ihre Server und führen Sie so Tests durch Verwenden derselben Datenbanktechnologie, die das Web indiziert und Milliarden von Internetnutzern verfolgt.

David Glazer, Projektleiter und ehemaliger Google+ Platform Engineering Manager, gab dies an Biologen haben nicht mehr nur einzelne Genome untersucht, sondern auch Millionen von Genomen analysiert. "Die Möglichkeit besteht darin, die Fortschritte in der Datentechnologie umzusetzen, um diesen Übergang zu erleichtern."

Obwohl einige Wissenschaftler spotteten Googles Versuch, DNA als zu komplex für das Unternehmen zu betrachten, Es gibt andere, die es für den Beginn einer Revolution halten. Der Bioinformatik-Experte der Stanford University, Atul Butte, sagte, als er von Googles Plänen erfuhr, habe er verstanden, "wie sich Reisebüros gefühlt haben müssen, als sie von Expedia hörten".

Die Big Data des menschlichen Genoms

Das Broad Institute, Cambridge (Massachusetts) gab an, dass es im Oktober erreicht hat Alle 32 Minuten wird das Äquivalent eines menschlichen Genoms dekodiert, wodurch etwa 200 Terabyte "Rohdaten" erzeugt werden.

Diese Menge an Informationen, Jedoch, ist weniger als das, was große Internetunternehmen normalerweise handhaben (Die Menge an Informationen, die das Broad Institute in zwei Monaten gespeichert hat, entspricht der Menge, die an einem einzigen Tag auf YouTube hochgeladen wird.) Sogar soist eine Menge weit überlegen, was Biologen an den Umgang gewöhnt sind.

Für seinen Teil, das National Cancer Institute (National Cancer Institute) sagte das würde 19 Millionen US-Dollar zahlen, um die 2,6 Petabyte an Informationen aus dem High Cancer Genome in die Cloud zu verschieben. Kopien von Daten für Tausende von Krebspatienten werden in Google Genomics und den Rechenzentren von Amazon gespeichert.

Die Idee ist, "Krebsgenomwolken" zu erstellen, in denen Wissenschaftler Informationen austauschen und virtuelle Experimente durchführen können, so einfach wie bei einer Websuche. Laut Sheila Reynolds, einer Forscherin am Institut für Systembiologie in Seattle, "hat nicht jeder die Fähigkeit, ein Petabyte an Daten herunterzuladen oder die Rechenleistung, um damit umzugehen."

Der Preis für die Speicherung des Genoms

Die Übertragung genetischer Daten in die Cloud hat generiert ein Preiskampf zwischen Google und Amazon.  Google hat bereits den Preis festgelegt: 25 US-Dollar pro Jahr für die Speicherung eines Genoms und ein bisschen mehr, wenn Sie damit rechnen wollen. Das Genom einer Person entspricht jedoch 100 GB "Rohdaten" Eine poliertere Version benötigt weniger als 1 GB, was nur 0,25 USD pro Jahr entspricht.

Somalee Datta, eine Physikerin, die den Genetic Data Computer Cluster der Stanford University leitet, sagt, dass aufgrund des jüngsten Preisverfalls Das Speichern von Genomen bei Google oder Amazon kostet dasselbe wie das Speichern in Ihrem Rechenzentrum. "Die Preise werden vernünftiger und wir glauben, dass sie weiter sinken werden."

Genome in der Cloud und Startups

Cloud-Speicher ist eine treibende Kraft für Startups Wie Tute Tenomics, DNANexus, Sieben Brücken und NextCode Health. Diese Unternehmen erstellen "Browser", damit Krankenhäuser und Wissenschaftler mithilfe von Google oder Amazon als Suchmaschine nach genetischen Informationen suchen können.

Denis Kural, Präsident von Sieben Brücken, speichert Genomdaten in der Amazon-Cloud für 1.600 Forscher. Laut Denis ist das Wichtigste Die Medizin wird bald von einer Art DNA-Internet abhängen, nach dem Ärzte suchen können. „Wenn in Zukunft Krebs entdeckt wird, können Ärzte mein Genom und das des Tumors sequenzieren und so in einer Datenbank suchen, die weitere 50 Millionen Genome enthält. Dies würde es ermöglichen, das am besten geeignete Medikament für jeden Patiententyp zu finden.”

Genomik und wissenschaftliche Experimente

Laut Glazer Google begann mit der Arbeit an Genomics, als bereits klar war, dass im Bereich der Biologie Daten in großem Umfang generiert werden würden.

Glazer sagt nicht genau die Größe von Google Genomics noch wie viele Kunden hat er gerade, gibt das aber zu Auf Google-Servern wurden bereits mindestens 3.500 Genome aus öffentlichen Projekten gespeichert. Er hat sein Genom bereits sequenziert und auch in die Google Cloud hochgeladen.

Es heißt auch, dass Es gibt keine Beziehung zwischen der Google Cloud und Calico, vielleicht der gewagteste Versuch des Unternehmens im Gesundheitswesen Damit soll untersucht werden, wie die Lebenserwartung beim Menschen verlängert werden kann. "Das einzige, was sie gemeinsam haben, ist die offensichtliche Fähigkeit der Technologie, Fortschritte in den Biowissenschaften voranzutreiben."

Somalee Datta sagt ihrerseits, dass einige Stanford-Wissenschaftler damit begonnen haben BigQuery, ein Google-Datenbanksystem, das Genomdaten unterstützt. Dieses System wurde entwickelt, um große Datenbanken mit Spam, Webdokumenten oder Einkäufen von Verbrauchern, aber auch zu analysieren Damit können Forscher Experimente durchführen und Tausende oder Zehntausende menschlicher Genome vergleichen.

Quelle: http://www.technologyreview.com/news/532266/google-wants-to-store-your-genome/

Video: Jonathan Bingham: Genomics on Google Cloud Platform (September 2020).